Der Hafenärztliche Dienst besteht aus zwei Sachgebieten, dem eigentlichen hafenärztlichen Dienst, sowie der Reise-und Tropenmedizin (siehe dort), einschließlich der Gelbfieberimpfstelle in Bremerhaven. Der Hafenärztliche Dienst ist erste Anlaufstelle für alle gesundheitlichen Fragen, die auf See- und Binnenschiffen auftreten, sowohl für Seeleute und Passagiere, als auch für Reeder und Schiffsagenten.